Республіка Молдова розташована на південному сході Європи та займає найбільшу частину міжріччя Дністра і Прута, а також вузьку смугу лівого берега Дністра в його середній і нижній течії. Не маючи виходу до моря, країна географічно тяжіє до причорноморського регіону, при цьому в Молдови є вихід до Дунаю (довжина берегової лінії — менше 1 км). Молдова належить до країн Чорноморського басейну. Вихід до Чорного моря можливий через річку Дунай та Дністровський лиман. Великі транскордонні річки, які протікають територією країни, є одними з основних переносників забруднюючих речовин, які згодом потрапляють в Чорне море.

     На півночі, сході й півдні держава межує з Україною, на заході — з Румунією. Площа території — 33,7 тис. кв. км.

     Країна поділена на 32 райони, 5 муніципалітетів і 2 автономних утворення.

     Населення Молдови – 4.2 млн. осіб. Більшість населення – молдавани. Окрім цього ще проживають українці, росіяни, гагаузи, болгари, євреї та цигани.

     Великих річок в країні мало, зате багато маленьких і середніх. Окрім Дністра і Прута всі річки живляться за рахунок місцевого стоку. Найбільша – Дністер – бере свій початок в Карпатах. В 1954 році на Дністрі біля м. Дубоссари було збудовано гідроелектростанцію і вище дамби утворилося велике водосховище – «Дубоссарське море» - найбільша водойма країни.    В низинах Дністра знаходиться Кучугурський лиман. Прут, який також бере свій початок в Карпатах, на території Молдови має широку вироблену долину з терасами і розвинутою заплавою. Вода в річці – прісна. На відміну від Дністра, Прут судноплавний лише на невеликому відрізку. В широкій заплаві Пруту південніше м.Кагула є багато озер. Внутрішні річки Молдови маловодні. Річка Бик, на берегах якої розташований Кишинів, перегороджена дамбою. Водосховище, яке виникло, - «Кишинівське море» - має площу дзеркала біля 1000 га. 

     В межах молдовської частини басейну, річка Дністер є джерелом води для населення і промисловості багатьох міст, серед яких Кишинів, Дубоссари, Тирасполь, Бендери. Але на даний момент Дністер має серйозні екологічні проблеми, причиною більшості яких є забруднення. Наприклад, через Інтенсивне випасання худоби, води Дністра сильно забруднюються гумусом та іншими органічними речовинами, а сам ґрунт на берегах вражений ерозією.

     На кордоні двох держав вже другий рік будується гідроакумуляційна станція. Це будівництво викликало серйозні порушення екосистеми в основному на тому відрізку річки, який знаходиться на території Молдови. Тут, через дисбаланс температур і високу прозорість води, дно швидко замулюється, відкладена рибами ікра висушується. Через викид вод станцією, рівень води на цьому відрізку істотно відрізняється.

     Екологічна деградація річки погіршується замороженим Придністровським конфліктом, який негативно впливає на використання спільної інфраструктури для очищення стічних вод. Проблема має транскордонне значення, оскільки забруднені води річки попадають в Молдову з України, потім попадають назад в Україну і Чорне море біля м. Одеси. (source: Transboundary Dniester River Project)

     За радянських часів турбота про річковий басейн здійснювалася стосовно всієї системи. Але з 1991 року Молдова і Україна окремо піклуються про свою частину річки. Двосторонню угоду між урядами України та Республіки Молдова стосовно спільного використання та охорони транскордонних вод було підписано в 1994 році. Угода та її інституціональний механізм потребують перегляду та модернізації, особливо, якщо брати до уваги Комплексне управління водними ресурсами (Integrated Water Resource Management) та потребу участі громадськості у прийняті рішень.